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交大Scientific Reports發(fā)文構建世界首個蛋白質芯片數據庫

瀏覽次數:5001 發(fā)布日期:2016-3-11  來源:本站 本站原創(chuàng),轉載請注明出處

博翀生物戰(zhàn)略合作單位上海交通大學系統生物醫(yī)學研究院陶生策老師等構建了世界上首個蛋白質芯片數據庫,該數據庫針對蛋白質芯片的特點,設計了一套蛋白質芯片數據儲存標準,以及提供了在線“一鍵式”蛋白質芯片數據分析工具。2016年1月27日,該研究成果發(fā)表在Nature子刊《Scientific Reports》。

蛋白質芯片是一項強大的蛋白質組學研究技術,該技術已被廣泛地用于基礎研究和臨床研究。到目前為止已累計了大量的原始芯片實驗數據,但仍缺乏一個專門為蛋白質芯片量身打造的數據庫, 不能有效地共享以進一步發(fā)揮數據的價值。對此,本研究構建了一個蛋白質芯片數據庫PMD(www.proteinmicroarray.cn),作為專門儲存和分享蛋白質芯片原始數據的公共數據庫平臺。

目前,PMD已經收錄了多種不同類型的蛋白質芯片數據,如蛋白質組芯片、抗體芯片和凝集素芯片等。另外,為了方便那些對蛋白質芯片數據感興趣的用戶挖掘數據信息,PMD還整合了多個關鍵的生物芯片和蛋白質組數據分析工具,提供了一個自動化的數據分析接口,用戶提交后原始數據后,PMD將自動完成分析并生產完整的分析報告待用戶下載。完整的分析報告包括數據標準化結果、差異信號點篩選結果、聚類和注釋結果等。

PMD是首個專門儲存和分享蛋白質芯片數據的公共平臺。在該數據庫中,用戶可“一站式”獲取蛋白質芯片實驗的數據和相關信息,具體包括原始芯片數據、芯片信息和芯片文章信息等。與此同時,用戶還可利用數據庫內嵌的“一鍵式”數據分析工具來進行蛋白質芯片數據的分析和深度挖掘。該數據庫的成功建立必將為推動蛋白芯片技術的廣泛應用、蛋白組學研究的飛速發(fā)展起到至關重要的作用。PMD數據庫也必將成為中國人類蛋白質組計劃(CNHPP)推進過程中一個極其重要的科學成果。

廣州博翀生物科技有限公司專注于蛋白質芯片研究領域,提供最專業(yè)的蛋白質芯片產品、服務和平臺,推動基于蛋白質芯片的蛋白質組學發(fā)展和蛋白質芯片的臨床應用。陶生策研究員作為廣州博翀生物科技有限公司戰(zhàn)略指導專家,對我司芯片產品的研發(fā)、生產以及技術服務等給予了許多支持與幫助。

文章鏈接:http://www.nature.com/articles/srep19956

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