概念和原理:
DNA甲基化是基因表觀修t幣方式之一。在人類的表觀遺傳學研究中,最常見的就是CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化修飾。這種DNA修飾方式在不改變基因序列前提下實現對基因表達的調控。亞硫酸氫鹽反應能夠使DNA片段中未甲基化的C與亞硫酸氫鈉發生反應,C變成U,經PCR擴增,U變丁,而甲基化的C不發生反應,保持不變,從而與未甲基化的C區別開來。目前王要的研究方法也是基于亞硫酸氫鹽的處理。本公司提供的甲基化檢測有MSP、BSP和HRM方法。
l 甲基化特異性的PCR( methylation-specific PCR,MSP)
MSP是Herman等(1996)在使用亞硫酸氫鹽處理的基礎上建立的一種方法。該方法在甲基化區域設計甲基化特異性的引物對(MPrimers)和非甲基化的引物對(U Primers),使用M Primers和U Primers進行PCR擴增并檢測此MSP擴增產物,如果使用MPrimers能擴增出片段,則說明該被檢測的位點存在甲基化;若用U Primers擴增出片段,則說明被檢測的位點不存在甲基化。該方法是一種簡便的、特異的、敏感的檢測單基因甲基化的方法,可用于高通量樣品基兇特異位點甲墾化的檢測。
l 直接測序法( bisulfite sequencing PCR.BSP)
BSP法是Frommer等(1992)提出的DNA甲基化研究方法。該方法首先用重亞硫酸鹽使DNA中未發生甲基化的C脫氨基轉變成U,而甲基化的C保持不變,設計引物進行PCR擴增所需片段,則U全部轉化成T。最后,對PCR產物進行測序并且與未經處理的序列比較,判斷是否CpG位點發生甲基化。該方法是是目前新甲基化位點的尋找和基因特異位點甲基化的檢測最可靠方法之一。但該方法需要大量的克隆測序,過程較為繁瑣、昂貴。
l 高分辨率熔解曲線分析技術( high resolution melting.HRM)
HRM是近年來興起的一種甲基化檢測的新方法;驹硎窃诜荂pG島位置設計一對針對亞硫酸氫鹽處理后的DNA雙鏈的引物,這對引物中間的片段包含感興趣的CpG島。若這些CpG島發生了甲基化,用亞硫酸氫鹽處理后,未甲基化的C經PCR擴增后轉變成T.而甲基化的C不變,樣品中的GC含量發生改變,從而導致熔解溫度的變化。
科研和臨床應用
l 腫瘤的早期預測、分類分級、預后評估及多種疾病的分析。
l 轉錄水平分析:位于啟動子區域的甲基化一般會抑制轉錄。
l 細胞凋亡等調控機制的研究。
標本采集、保存、運輸
l DNA樣品,如需長途運輸,可將檢測合格的樣品編號密封,注意切勿泄漏,冷凍運輸。
l 組織和細胞樣品,采樣后立即用液氮速凍,于-80℃保存,冷凍運輸。
l 血液樣品:新鮮全血EDTA抗凝或枸椽酸鈉抗凝,2-8℃48 h內運送到實驗室,如不能立即運送,樣品采集后于-20℃或-80℃保存,冷凍運輸。
客戶須知
l 細胞(≥1×IOn個)、組織(≥300 mg)、血液(≥1 ml)、血清(≥1.5 ml)等樣品,基因組DNA(體積≥20川,;農度≥50 rigMI,用ddH20溶解DNA)。
l 客戶需提供檢測目的基因的名稱、序列或者Genbank序列號。
報告形式
報告單包括:檢測方法、檢測結果(MSP電泳圖片、BSP測序結果或HRM熔解曲線)、檢測結果解釋(檢測區域是否發生甲基化),如下:
檢測方法:MSP法
檢測結果:2%瓊脂糖凝膠電泳圖