1. 技術原理與實驗流程

1.1遺傳位標的選擇

45個SNP位點在小鼠基因組上的分布如圖1所示，針對各SNP位點側翼進行引物和探針設計。

                                           圖1 48個SNP位點在小鼠基因組上的分布

1.2技術原理--高通量PCR-LDR分型

      高溫連接酶檢測反應技術是一種成熟的SNP分型檢測方法。其原理是高溫連接酶檢測到模板DNA與兩條探針DNA的接頭處存在著堿基錯配，則連接反應不能進行,如圖2所示。針對這45 SNP位點，將其分成4組（圖1中a,b,c,d），每組進行多重PCR-LDR分型。

 圖2：LDR反應原理示意圖

1.3實驗流程

     實驗流程見圖3

 圖3：實驗流程圖

2實驗結果及分析

2.1測序儀檢測結果

     PCR-LDR 產物測序儀檢測結果如圖4，從圖中可見，分型信號清晰唯一，無雜信號的干擾。此外，對部分位點經sanger測序驗證，分型準確度為100%。

                                                 圖4：測序儀檢測結果（第二組為例）

2.2遺傳質量檢測的有效率

對10個近交系小鼠的3批樣本（共66個）進行檢測，結果顯示，不同來源的相同品系SNP狀態完全一致。45個SNP位點全出的概率為100%。表明這套方案對于實驗中的樣本45個SNP位點完全有效。同時所測樣本在這些位點處基因型均為純合，驗證了這十個常見近交系小鼠品系為純系。

十個品系間兩兩進行位點差異比較（共45對），最大差異位點數為29個，最小位點差異數7個；平均差異位點個數為19，差異位點數中值為20(圖5)。由此可見45個SNP位點在這十個常見近交系小鼠品系中的鑒定效率較高。

圖5  任意兩個品系差異等位基因數目的分布圖

3 服務流程

3.1 標準服務流程

1)客戶溝通，確認檢測小鼠品系以及樣本數，提示實驗可行性。

2) 建立實驗方案，并在此過程中和客戶保持密切溝通。

3) 大規模實驗，有嚴格的指控流程保證實驗結果可靠

3.2 實驗數據質量控制流程

1) 所有分型信號要求信號清晰唯一，排除不確定信號干擾。

2) 每板數據中都有陰性對照，質控PCR和LDR污染數據。

3) 整個實驗服務流程有15%的雙盲重復對照，保證數據準確可靠。