RNA是以DNA的一條鏈為模板,以堿基互補配對原則,轉錄形成的一條單鏈,主要功能是使遺傳信息能夠翻譯成蛋白行使生物學功能,是遺傳信息向表型轉化過程中的橋梁。當我們研究基因的表達和調控時,第一步需要做的就是從組織或細胞中分離和純化RNA。
一、RNA提取的原則:
1.保證RNA的完整性;
2.獲得高純度的RNA;
3.操作簡便,穩定性強。
二、抽提RNA的使用目的:
RNA用于不同的后續實驗,其質量要求不盡相同。cDNA文庫構建要求RNA完整而無酶反應抑制物殘留;Northern對RNA完整性要求較高,對酶反應抑制物殘留要求較低;RT-PCR對RNA完整性要求不太高,但對酶反應抑制物殘留要求嚴格。因此,明確實驗目的是進行后續實驗的首要條件。
三、Trizol法抽提
Trizol是一種總RNA抽提試劑,內含異硫氰酸胍等物質,能迅速裂解細胞,抑制細胞釋放出的核酸酶活性。目前常用Trizol法進行提取組織或細胞中的RNA。
1).Trizol作用原理
在勻質化或溶解樣品中,Trizol試劑可保持RNA的完整性,同時能破壞細胞及溶解細胞成分。加入氯仿離心后,裂解液分層成水相和有機相。RNA存在于水相中。水相轉移后,RNA通過異丙醇沉淀回收。移去水相后,用乙醇可從中間相沉淀得到DNA,加入異丙醇沉淀可從有機相得到蛋白質。
2.)標準Trizol提取步驟
液氮研磨--加入Trizol裂解混勻--加入氯仿抽提--離心--加入異丙醇沉淀--離心--酒精洗滌--離心--無酶水重溶。
3).具體實驗步驟
(1)實驗準備
RNase free的槍頭、EP管、PBS、Trizol、氯仿、異丙醇、75%乙醇、RNase free水;
(2)樣本處理
對取下的新鮮組織(50mg)用PBS快速清洗表面附著物,放入離心管,加入1ml Trizol勻漿。室溫靜置5min,4℃,12000 g,離心5min,吸取上層液體至新的離心管中;
(3)氯仿萃取
按0.2 ml氯仿/1 ml Trizol的量加入預冷的氯仿,即200ul,上下振蕩15s,室溫孵育5min。4℃,12000 g,離心15 min。混合物分離為下層紅色的酚-氯仿相、中間相以及上層無色水相,RNA存在于水相。
(4)轉移水相
轉移水相時,槍尖隨著液面下移而下移,避免擾亂分層,慢慢吸取,避免吸到中間相和下層有機相,更不要貪心吸太多,吸大約400ul就好,轉移至新離心管中。
(5)異丙醇沉淀
加入等體積預冷的異丙醇,混勻,靜置10分鐘后,4℃,12000g離心10min,棄上清。異丙醇主要用于沉淀RNA。
(6)乙醇洗滌
加入1ml預冷的75%乙醇,輕輕將整塊沉淀吹起懸浮,此處千萬注意別把RNA沉淀吹散,因為RNA吹散后很難通過離心重新聚集在一起,最終導致實驗失敗。4℃,12000 g,離心5 min。
(7)RNA溶解
盡量吸除上清,室溫干燥3-5min,此處注意不要干燥過度否則會引起RNA難溶甚至降解,也不宜時間過短使酒精揮發不完全。加入30-50ul RNase free水(量視RNA提取量大小而定),充分溶解沉淀,保存于-80℃。
(8)RNA濃度檢測和電泳評估RNA濃度和質量。
當然現在也有許多抽提RNA的試劑盒可供大家選擇,操作相對更加簡單,省時省力。
不同抽提方法優缺點
最后,關于改善RNA提取質量的一些小建議:
1.使用正確的細胞或組織儲存條件,在樣品用液氮速凍后,應該儲存在-80℃,樣品在RNA提取之前應避免反復凍融。
2.研磨過程要迅速,徹底勻漿樣品。
3.盡量使用無RNase的槍頭、試管和溶液,手套也應經常更換;實驗前移液器、工作臺、玻璃器皿,最好用RNaseZap擦拭。
4.建議分裝RNA溶液進行保存,避免反復凍融,導致RNA降解。
5.使用Rnase-free的雙蒸去離子水或其他緩沖液溶解RNA,否則容易導致RNA降解。
6.結合組織樣本本身的特點,選擇最優的抽提方案。