Western Blot 試驗中的標準(表達量)參照物即內(nèi)參,有了參照物才能準確地比較目的蛋白表達量的差異。Western Blot 即免疫印跡試驗,可以利用 Western Blot 來比較在不同條件下,不同細胞組織中目的蛋白表達量的差異,屬于定性,半定量試驗。既然有差異性比較,參照物必不可少。
beta Actin、beta Tubulin、GAPDH 的分子量分別是 42kd,50kd,37kd,目的蛋白分子量最好能與內(nèi)參蛋白分子量相差 5kd 以上,才能分開目的蛋白和內(nèi)參,寫文章做圖也更美觀;
三大內(nèi)參:
beta Actin,肌動蛋白,細胞骨架蛋白。它們在各組織和細胞中的表達相對恒定,在檢測蛋白的表達水平變化時常用它來做參照物。beta Actin 作為內(nèi)參是得到公認的,針對大多數(shù)組織和細胞來說的,它廣泛分布于細胞質(zhì)內(nèi),表達量非常豐富。但是在一些少量特殊的情況下比如脂肪組織和細胞內(nèi),beta Actin 的表達量就很少。
GAPDH,甘油醛-3-磷酸脫氫酶,該酶是糖酵解反應(yīng)中的一個酶,幾乎在所有組織細胞中都高水平表達,在同種細胞或組織中的表達量一般是恒定的,且很少受外部誘導(dǎo)物的影響。但比如缺氧和糖尿病等疾病存在下,會增加 GAPDH 在特定細胞和組織中的表達。
beta Tubulin,微管蛋白,細胞骨架蛋白。作為內(nèi)參抗體,beta Tubulin 表達通常不會發(fā)生改變,因此被廣泛用于 Western Blot 內(nèi)參,也常被用于免疫染色觀察細胞的微管結(jié)構(gòu)。
下面具體分析闡述。
1. 不同的內(nèi)參在選擇上也要根據(jù)具體的樣本情況選擇,沒有一種內(nèi)參能適用所有的組織和細胞樣本。比如,血紅細胞(因為其細胞結(jié)構(gòu)的特殊性和需要攜帶氧氣的功能性)樣本就不適合以上 3 種常用內(nèi)參。如果使用會導(dǎo)致結(jié)果很差或者沒有結(jié)果。可以選用血紅細胞的結(jié)構(gòu)性蛋白作為內(nèi)參代替。
2. 在做多組織多細胞樣本對比表達量時,最好選用 GAPDH 作為內(nèi)參,因為 GAPDH 是代謝類蛋白,在活組織中表達比較恒定。而 beta Actin 和 beta Tubulin 是結(jié)構(gòu)蛋白,不同組織的細胞結(jié)構(gòu)會有差異性,如腦組織的 tubulin 的表達會高一些(因為神經(jīng)細胞的軸突和樹突都由 tubulin 維持結(jié)構(gòu)),而 actin 的表達量可能會低一些。再比如,骨骼肌、心肌和平滑肌的特殊功能反而導(dǎo)致了 tubulin 的表達改變和特化。心肌的 beta Actin 的表達量可能變少,而 alpha Actin 表達量高。因為這些組織的差異,現(xiàn)在慢慢采用總 Actin 和總 tubulin 作為內(nèi)參,可以盡量減少一些組織表達量差異。
3. 做各種分泌液樣本的時候,如血漿,乳汁,組織液等,以上的 3 種內(nèi)參也不是很合適。由于沒有完整的細胞結(jié)構(gòu),所以只能選擇一些分泌蛋白作為內(nèi)參,或者采用其他方式作為內(nèi)參。
4. 做誘導(dǎo)后樣本或檢測磷酸化等修飾性抗體時,選擇結(jié)構(gòu)蛋白作為內(nèi)參,如 beta Actin 和 beta Tubulin。因為 GAPDH 是代謝類蛋白,表達量有可能會受到誘導(dǎo)處理的影響。同時,做修飾性抗體的 Western Blot 實驗,最好也帶上同抗原的總抗作為陽性對照。
5. 做 Western Blot 實驗時,內(nèi)參的條帶強度也要適當控制。不要讓內(nèi)參條帶發(fā)生過度曝光的情況,尤其是用 X 膠片曝光的。如果內(nèi)參條帶過度曝光,條帶會顯得很寬,妨礙對條帶正確強度的判讀,進而影響對其他實驗結(jié)果的判斷。最好的內(nèi)參結(jié)果是: 窄窄的,黑色實心條帶。