Ion PGM™微生物測序解決方案
瀏覽次數:5483 發布日期:2019-1-3
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半導體測序
Ion半導體測序讓測序既快速,又經濟。如今,更多實驗室采用強大的新一代測序技術——通量增加,準確性提高,讀取更長——以便更快獲得微生物的答案。有了Ion Torrent™個人化操作基因組測序儀(PGM™),您能夠從基因組定向區域(如多位點序列分型(MLST))的測序更快推進到完整基因組的測序,而費用僅為毛細管電泳測序的一小部分。有了全基因組鳥槍法測序(WGS),您能夠捕獲整個基因組中的單堿基改變,而無需物種的參考序列信息。
成熟:在短短兩年的時間內,科學家們已利用Ion PGM™測序儀發表了80多篇微生物學方面的同行評議文章。
簡約:經濟的全基因組測序讓微生物學家能夠在使用單一技術時提高鑒別能力和準確性。
快速:Ion PGM™測序儀比其他測序儀更快,只需4小時即可獲得長讀取(400個堿基)測序結果。
微生物測序單日流程
目前對于較長、準確的讀取(reads),采用400個堿基對的測序可在一天之內完成由Ion PGM系統動力操縱的de novo測序。
簡化的樣品制備和應用特異的數據分析方案進一步簡化了微生物測序,使得微生物研究的各個領域都有重大突破。
三種測序芯片可供選擇,意味著您能夠根據特定應用的需求來選擇測序通量,從而節省您的時間和經費。
微生物測序應用
發現 & 鑒定
全基因組鳥槍法測序為微生物的發現與鑒定提供了重要的新機會。對于鑒定微生物基因組結構的研究人員而言,完整基因組的de novo測序和組裝是至關重要的一步。Ion Torrent™半導體測序徹底改變了微生物研究中的de novo測序,它提供了一個簡單、低成本的系統,能在一天內帶來準確的結果。隨著在Ion PGM™系統上實現400 bp測序,測序組裝指標將比以往任何時候都好,帶您走上全基因組測序的捷徑。
細菌分型
快速準確的分型對于監測或鑒別細菌或病毒、闡釋細菌傳播鏈或了解特定人群的健康和疾病狀況均十分重要。Ion半導體測序匹配Ridom™ SeqSphere+™自動化軟件能夠使任何微生物學家得以利用全基因組的方法來實現細菌分型。Ion PGM™系統能夠提供快速、低成本的完整基因組序列信息,而不是僅對幾個感興趣的區域進行測序。通過采用成百上千個分型基因,可對個別菌株實現更高分辨率和更為準確的分型。在一個工作日內,即可對特定分離株進行測序和鑒定,從而有望為疾病爆發的監測提供實時結果。
病毒分型
為了集中目標完成進化模式和病原體出現的預測,Ion PGM™系統匹配PathAmp™ FluA試劑以及Torrent Suite™軟件的病原體分析儀插件為甲型流感病毒完整基因組測序提供了最新型的工作流程。利用高度準確的序列數據,研究人員能夠在一天之內實現甲型流感病毒的分型,從而啟動更為有效的流感監測。這可使您得以精心優選疫苗菌株,并改進未來抗原特性的預測。
宏基因組學
Ion半導體測序通過全基因組測序或對細菌16S rRNA基因的定向測序(16S測序)來加速和簡化宏基因組研究。因無需在測序之前克隆樣品,避免了抽樣時的一個主要偏向。樣品在Ion PGM™系統上的直接測序可快速開展,有了更多擴增子,可更好地區分不同生物體。與其他新一代測序儀不同,PGM™系統讓您輕松讀取低復雜度的序列。