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illumina測序新品NextSeq1000與NextSeq2000性能的預測

瀏覽次數:4660 發布日期:2020-1-16  來源:微信公眾號:基因Share

大家好,正床上躺著看《慶余年》的我收到了宇哥發來的微信,才想起來今天竟到了illumina新品發布會的日子,看著手機上的產品宣傳圖片我不由的想起來家里的加濕器,還是自帶小夜燈和觸控屏幕的空氣加濕器(只不過這加濕器有點貴啊,21萬美刀)。
 

圖片來源于illumina中國官網

 

接下來我們來簡單介紹一下illumina的新產品—NextSeq1000與NextSeq2000,我粗略的看了下illumina官網上新產品的宣傳彩頁,頓感些許失落,但是誰知后面會不會也難逃真香”定律呢?

前幾天我寫了一篇《2020 illumina新品發布預測》的文章,帶著“必然蒙對”的傲嬌對號入座的瞄了一下我當時的預測,嗯!就是這個。

在我當時的新品預測中,其中一個預測是illumina可能會發布一款介于NextSeq系列和Novaseq6000之間的機型,以補充兩機型之間的“產品斷崖”,該機器的數據產量可以相當于Novaseq的SP芯片(800M Reads,PE150,240Gb/Flowcell),而測序試劑的價格將介于NextSeq High-Output芯片($40/Gb)和Novaseq SP芯片($18/Gb)之間。我當時預測的這款機器的主要目標客戶群體是以北美地區的Hiseq系列或者Nextseq系列使用者為主,之所以如此判斷,原因有二:

 

第一,是我預測illumina2019年在中國市場幾乎是零增長,業績將基本與2018年持平(2018年illumina大中華區營收為3.65億美金,占總營收的11%),造成這份態勢,華大智造MGISEQ-2000測序系統優秀的市場表現“功不可沒”,如果illumina發布介于NextSeq和Novaseq之間的機型,那么該機器的主要性能參數將與華大智造的MGISEQ-2000接近,所以我不認為illumina推出這類機型會對中國市場的客戶有太大的吸引力,自然中國市場(甚至是亞太市場)也不會是其主要目標客戶群體(起碼短時間內不是) 

 

第二,北美才是illumina的大本營(第一大市場,2018年illumina美國市場營收為17.73億美元,占總營收的53%),所以這次韭菜還是要回家割,業績增長的壓力還是要靠家里人來一起“扛”的。北美地區還有大量的Hiseq2500和Hiseq4000等老舊機型在服役,這些機型開機成本較高、運行速度較慢、通量較大,而Nextseq系列的單位數據成本又太高、數據產量上也無法滿足后續單細胞測序、基于液體活檢的Pan-Cancer等應用的檢測需求,所以一款“中間機型”的需求應運而生。但這讓我想到了美國的智能手機市場,用戶的選擇真是少到可憐啊,不是蘋果就是三星,最多加個LG,哪有我們幸福... ...另外美國這么多CLIA實驗室,這RUO版本的機型也是可以拿過來直接用的。

另外,剛看到Genomeweb的推文,Roche與illumina將基于NextSeq550Dx測序平臺合作開發體外診斷試劑盒,而且illumina宣布即將推出NovaseqDx,所以如我預測,NovaseqDx即將來臨,后續將聯合DRAGEN Bio-IT在Pan-Cancer(ctDNA)、cWES和cWGS應用中擔當重任。

 

好的,上面啰嗦這么多,總結成一句就是想說明咱這預測不是胡扯,那么接下來咱們簡單看一下本次發布的新品具體的參數。

首先我們來看一下尺寸大小

NextSeq550的長寬高為 63.5cm×53.3cm×58.4cm,毛重為151.5kg。

Nextseq2000的長寬高為65cm×60cm×60cm,重量為141kg。

從體型上來看,這個小夜燈加濕器與Nextseq550是基本一樣的。

     

接下來我們再來看一下四款儀器的性能參數對比表

 

 最后我們還說一下NextSeq1000/2000有哪些創新的地方?

 但因為目前產品細節公開的還是太少(宣傳75項創新啊),并且下面的內容,宣傳彩頁上都是現成的,所以我還是長話短說為大家做簡單歸納:

 

 

第一,NextSeq1000/2000測序系統直接搭載了DRAGEN Bio-IT FPGA Secondary analysis,簡單來說就是分析加速系統。可以用來大大加快變異檢測的分析速度。

第二,簡化的上機操作流程,將廢液桶和測序試劑卡槽集成在一起,待loading的文庫也加入試劑卡槽,測序芯片插入試劑卡槽,再將測序試劑盒插入測序儀,搞定!

第三,可以在云端對本次測序的運行模式進行設定(例如讀長、Barcode等測序參數)。
 


 

這樣看下來這機器有點AIOT的意思啦,好了,今天就到這里,后續獲得更多新品細節后再與大家交流學習。


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標簽: illumina 測序
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