對內源性RNA酶，目前常用的RNA酶抑制劑有：
1、RNA酶的蛋白質抑制劑(RNasin)，
它是從人胎盤分離的一種蛋白質，可以與多種RNA酶緊密結合形成非共價結合的復合物，使RNA酶失活。RNA酶的蛋白質抑制劑制品經數次凍融后或放在氧化條件下應棄之不用。RNA酶的蛋白質抑制劑不干擾反轉錄或mRNA在無細胞體系中的翻譯。
2、氧釩核糖核苷復合物，
它是由氧釩離子和4種核糖核苷之中的任意一種所形成的復合物，是一種過渡態似物，它能與多種RNA酶結合并高效抑制RNA酶活性。然而氧釩核糖核苷復合物能強烈抑制mRNA在無細胞體系中的翻譯，因此必須用含0.1%羥基喹啉的苯酚多次抽提以除之；
3、硅藻土，
硅藻土能吸附RNA酶，并且在后續的RNA純化過程中經離心除去；
4、異硫氰酸胍，
它是強力的蛋白質變性劑，在破壞細胞結構使核酸從細胞核中解離出來的同時也使RNA酶變性失活；
5、焦碳酸二乙酯(DEPC)，
它是RNA酶強烈抑制劑，但其作用并不是絕對的。DEPC主要用于不能高壓滅菌的材料和器皿的RNA酶處理；
6、其它化學試劑，
如SDS、尿素等對RNA 酶也有一定的抑制作用。