lncRNA啟動子DNA甲基化/羥甲基化測序分析綜述
技術優勢：
● 專注非編碼RNA領域，完善的lncRNA啟動子分析流程
● 可與lncRNA表達譜芯片聯合應用，實現平臺間無縫對接
● 可視化數據展示，提供paper級結果圖表
● 優化的IP實驗方法，可信賴的檢測平臺及數據結果
介紹：
人類基因組中僅有約2%的DNA序列最終編碼生成蛋白質，其余絕大部分區域轉錄形成長鏈非編碼RNA。隨著lncRNA的生物學功能的發現，這些原先被認為是“junk DNA”的區域的其eferenceseq研究地位上升為“暗物質”。lncRNA的轉錄受到嚴格的調控，其表達譜細胞特異性和組織特異性甚至高于蛋白編碼基因。尋找和發現疾病過程中LncRNA表達變化的原因，了解lncRNA上游調控機制，是lncRNA研究領域重要組成部分，而表觀遺傳學正是從基因組層面研究RNA轉錄調控的重要領域。
人類基因組中僅有約2%的DNA序列最終編碼生成蛋白質，其余絕大部分區域轉錄形成長鏈非編碼RNA。隨著lncRNA的生物學功能的發現，這些原先被認為是“junk DNA”的區域的其eferenceseq研究地位上升為“暗物質”。lncRNA的轉錄受到嚴格的調控，其表達譜細胞特異性和組織特異性甚至高于蛋白編碼基因。尋找和發現疾病過程中LncRNA表達變化的原因，了解lncRNA上游調控機制，是lncRNA研究領域重要組成部分，而表觀遺傳學正是從基因組層面研究RNA轉錄調控的重要領域。
啟動子區域的DNA的甲基化對RNA的轉錄起抑制作用。研究發現，在肝癌以及精神分裂患者樣品中轉錄形成LncRNA MEG3的基因組區域發生DNA甲基化修飾程度的異常改變；食管癌具有特征性lncRNA啟動子DNA甲基圖譜，其區分癌與癌旁組織的效果要優于mRNA啟動子；乳腺癌中高達57.18%的lncRNA發生啟動子DNA甲基化水平的改變，lncRNA啟動子的甲基化程度和lncRNA的表達水平顯著相關。
康成生物在MeDIP-seq數據中加入lncRNA啟動子DNA甲基化分析，客戶可以同時得到lncRNA，mRNA的DNA甲基化相關數據，可與Arraystar lncRNA芯片聯合應用，實現兩個平臺的無縫對接。lncRNA啟動子分析同樣適用于hMeDIP-seq平臺，可以快速便捷地確定DNA羥甲基化修飾在lncRNA啟動子區域的分布。
圖1. 甲基化/羥甲基化測序lncRNA啟動子分析流程
重要數據結果展示：
1. 兩組/個樣品的lncRNA啟動子差異（羥）甲基化分析
康成生物使用最新軟件分析兩組/個樣品間的差異(羥)甲基化區域。與傳統的先合并reads，再計算差異富集區，或者先分別計算差異富集區，再合并的方法相比，這種方法更加穩健，能夠更好地利用重復數據內的變異，獲得更好的統計結果。根據基因組坐標，利用UCSC RefSeq數據庫對位于lncRNA啟動子區（TSS - 2000 bp到TSS + 2000 bp）的差異（羥）甲基化區域進行注釋。
表1：lncRNA啟動子差異甲基化區域列表
2. 與lncRNA表達譜芯片的聯合分析
甲基化測序/羥甲基化測序數據和lncRNA表達譜數據結合分析，可繪制差異（羥）甲基化情況聚類熱圖。
圖2. DNA羥甲基化測序與LncRNA 表達譜聯合分析聚類圖
3. lncRNA啟動子甲基化/羥甲基化可視化分析
甲基化測序/羥甲基化測序結果中的wig文件能夠上傳到UCSC基因組瀏覽器中，以進行lncRNA啟動子區域信號的可視化。
圖3. 可視化分析參考文獻
1. Anamaria Necsulea. et al.(2014) Nature 505(7485):635-40 [PMID:24463510]
2. John P. Thomson. et al.(2013) Nucleic Acids Res 41(11):5639-54[PMID:23598998]
3. Wenjing Wu. et al.(2013) Gastroenterology 144(5):956-966.e4 [PMID:23333711]
4. Yongsheng Li. et al.(2015) Scientific Reports 5;5:8790 [PMID:25739977]
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